遗传说认为圆锥角膜属于隐性遗传病，但也有些病例可连续二代或三代出现症状，对这样的病例应考虑是规律或不规律的显性遗传。圆锥角膜常合并其他先天异常被认为是遗传因素的佐证。
间质发育障碍提出圆锥角膜是由于角膜中央部分抵抗力下降，坚韧性变弱，不能抵抗正常的眼内压，因而突起造成圆锥型变化。有人发现圆锥角膜不仅仅改变角膜的弯曲度，巩膜也有明显的改变，以此认为间质发育不全可解释角膜圆锥样的变化。
内分泌紊乱的确会造成一些疾病，但并不肯定圆锥角膜也在其中，有人提出甲状腺机能减退是发生圆锥角膜的一个重要因素，特别强调胸腺在圆锥角膜发生上的作用。
代谢紊乱观点的提出人发现圆锥角膜发生时人的基础代谢率明显下降，应用直接光谱分析法检查圆锥角膜患者血液内微量元素的改变，发现镍的含量明显下降，钛铝和铅的含量上升，而锰的含量没有变化，该研究者确信血液内微量元素的改变对疾病的发生起着一定的作用。他同时也提到谷胱甘肽抗氧化作用机能的不全引起过氧化物在体内的堆积，而这种过氧化物可能就是损害角膜的因子。
在圆锥角膜病人中有32.6%患者得过干草热，有33.3%得过哮喘，而哮喘在一般居民中的发病率仅占0.59%，86%的圆锥角膜患者有过过敏反应的病史，因此过敏反应也被列为圆锥角膜病因之一。
随着医学的发展，相信对圆锥角膜的了解会越来越多，对患者来说，如果不能预防则应在发病后积极治疗，切不可讳疾忌医。